Zakład Mechatroniki został powołany z początkiem roku 2021, wraz ze zmianą struktury i połączeniem Wydziału Mechanicznego z Wydziałem Oceanotechniki i Okrętownictwa PG. Zakład kontynuuje prace badawcze i tradycje utworzonego w 2003 r. Zespołu Nadzorowania Procesów Dynamicznych. Zespół ten, przemianowany następnie na Zespół Mechatroniki, funkcjonował w latach 2010-2020 w ramach Katedry Mechaniki i Mechatroniki Wydziału Mechanicznego PG. W okresie tym w Zespół zrealizował 7 krajowych projektów i 3 międzynarodowe projekty naukowe, wypromowano 5 doktorów, 1 doktora habilitowanego, a jedna osoba uzyskała tytuł profesora nauk technicznych.
Aktualna działalność naukowa Zakładu Mechatroniki koncentruje się głównie w obszarze zagadnień dotyczących nadzorowania systemów i procesów dynamicznych, zwłaszcza w zakresie zastosowań analizy modalnej, redukcji drgań i optymalizacji parametrów obróbki podczas frezowania oraz sterowania robotami mobilnymi. Od roku 2021 pracownicy Zakładu uczestniczyli lub aktualnie biorą udział w kilku projektach badawczych krajowych i międzynarodowych co m.in. zaowocowało publikacjami w wysokopunktowanych czasopismach oraz wypromowaniem 2 doktorów.
Rozwijana przez lata aktywność naukowo-dydaktyczna przyczyniła się do wypracowania współpracy międzynarodowej m.in. z Université de Lorraine - Ecole Nationale d’Ingénieurs de Metz (Francja), a także do uruchomiania na dawnym Wydziale Mechanicznym kierunku studiów Mechatronika I stopnia (2007 r.) i II stopnia (2010 r.), które w roku akademickim 2021/2022 przeszły istotną modernizację programów nauczania. Oprócz działalności naukowej, pracownicy zakładu angażowali i angażują się w projekty dydaktyczne i modernizację infrastruktury Wydziału, np. w ramach projektów „Inżynier przyszłości” (2012-2015 r.), „Zintegrowany Program Rozwoju Politechniki Gdańskiej” POWR (2018-2022 r.) oraz GdańskTech CoreEduFacilities (2022-2023 r.).